از آنجایی که ویروس میوه روگوز قهوه ای گوجه فرنگی گیاهان گوجه فرنگی و فلفل را در سراسر جهان آلوده می کند، شرکت های بذر در حال کار بر روی پرورش گوجه فرنگی مقاوم هستند.
حتی قبل از شروع پروژه های توالی یابی ژنومی گوجه فرنگی، منابع غنی ژنتیکی و ژنومی در اختیار پرورش دهندگان گوجه فرنگی بود. مجموعههای بزرگ ژرم پلاسم گوجهفرنگی مدتهاست در چندین مکان ایجاد شدهاند. بیش از 75,000 نمونه گوجه فرنگی در بانک های ژن در سراسر جهان نگهداری می شود. یکی از بزرگترین بانک ژن USDA در ژنو، نیویورک است.
توالی یابی ژنوم گوجه فرنگی در سال 2005 به عنوان یک تلاش چند ملیتی بین 14 کشور آغاز شد و در سال 2012 تکمیل شد. این تلاش ها با استفاده از هوش مصنوعی، یادگیری ماشینی و الگوریتم های پیشرفته برای تجزیه و تحلیل مقادیر زیادی از داده های ژنتیکی و فنوتیپی سرعت زیادی یافته است.
پان ژنوم گوجه فرنگی
محققان موسسه Boyce Thompson در سال 2020 یک ژنوم مرجع با کیفیت بالا برای گوجهفرنگیهای وحشی ایجاد کردند تا یک ژنوم کاملتر و مفیدتر گوجهفرنگی تولید کنند. آنها بخش هایی از ژنوم را کشف کردند که زمینه ساز طعم، اندازه و رسیدن میوه، تحمل استرس و مقاومت در برابر بیماری است. تا حدی به لطف فناوری های پیشرفته توالی یابی که می توانند قطعات بسیار طولانی DNA را بخوانند، ژنوم مرجع کامل تر و دقیق تر از پایگاه داده موجود است.
فناوریهای توالییابی قدیمیتر که قطعات کوتاهتر DNA را میخوانند، جهشها را در سطح تک پایه شناسایی میکنند. با این حال، آنها در یافتن انواع ساختاری مانند درج، حذف، وارونگی یا تکثیر تکه های بزرگ DNA خوب نیستند.
در سال 2019، یک گروه بین المللی از محققان با استفاده از توالی ژنومی از 725 گونه فیلوژنتیکی و جغرافیایی، پان ژنوم گوجه فرنگی را ساختند. این پایگاه داده شامل 4,873 ژن است که در ژنوم مرجع اصلی یافت نمی شود. تجزیه و تحلیل تنوع موجود/غایب، از دست دادن ژن قابل توجه و انتخاب منفی شدید ژن ها و پروموترها را در طول اهلی کردن و بهبود گوجه فرنگی نشان داد.
مقاله کامل را در www.seedworld.com بخوانید.